Ο Νικόλαος Φασσιοδόνιος υπήρξε ουσιαστικά κουρσάρος, ο οποίος επιτίθετο σε εχθρικά πλοία στην περιοχή του Αιγαίου λαμβάνοντας από αυτά αρκετά λάφυρα. Αυτές οι επιδρομές ήταν συνήθεις τη συγκεκριμένη εποχή, με κάποιους κουρσάρους να δρουν στην περιοχή του Αιγαίου και άλλους στο Ιόνιο. Οι Βενετοί, όταν οι Τούρκοι ξεκίνησαν να αποτελούν κίνδυνο για την Ευρώπη, ξεκίνησαν να ενισχύουν κρυφά τις πειρατικές αυτές επιχειρήσεις των Ελλήνων εναντίον των τουρκικών καραβιών, ενώ αρκετοί από αυτούς τους κουρσάρους θα λάβουν αργότερα μέρος στις συγκρούσεις μεταξύ Βενετών και Τούρκων.
Η άφιξη του Κρητικού ναυάρχου είχε προκαλέσει τον ενθουσιασμό και αναπτέρωσε το ηθικό των πολιορκούμενων στην Αμμόχωστο, οι οποίοι είχαν εκλάβει το συγκεκριμένο γεγονός ως ένα ελπιδοφόρο μήνυμα, πως οι ευρωπαϊκές συμμαχικές δυνάμεις ήταν έτοιμες να συνεισφέρουν στον αντιστασιακό αγώνα τους. Στον αντίποδα το συγκεκριμένο γεγονός είχε προκαλέσει τον τρόμο και τον πανικό των Τούρκων, οι οποίοι φοβούμενοι ότι ήταν θέμα χρόνου να αφιχθούν στο λιμάνι της Αμμοχώστου ισχυρές ευρωπαϊκές ναυτικές δυνάμεις από την Κρήτη και το Καστελλόριζο , ξεκίνησαν να αποσύρουν τα στρατεύματα τους προς το εσωτερικό εγκαταλείποντας οχυρώματα, τάφρους και άλλες καίριες θέσεις τους.
Το συγκεκριμένο συμβάν παράλληλα με την άφιξη στην πόλη της Αμμοχώστου σπουδαίων στρατηγών, οι οποίοι είχαν γλιτώσει από τις σφαγές που είχαν προηγηθεί από την άλωση της Λευκωσίας , αλλά και με την αποστολή βενετικών καραβιών εφοδιασμένων με πολεμοφόδια και ζωοτροφές, έδωσαν την ευκαιρία στους πολιορκημένους να προβούν σε αρκετές εξόδους και να συγκρουστούν με τις δυνάμεις των Τούρκων τρέποντας τους αρκετές φορές σε φυγή και προκαλώντας τους σημαντικές απώλειες.
Το οχυρό Ραβέλιν όπου δέχθηκε κατά την διάρκεια της πολιορκίας τις σφοδρότερες επιθέσεις των Τούρκων
Δυστυχώς όμως τα συγκεκριμένα γεγονότα έδωσαν στους αποκλεισμένους της Αμμοχώστου μια μικρή μόνο ανάσα πριν το τραγικό τέλος. Η μεγάλη βοήθεια που αναμενόταν από τον χριστιανικό συμμαχικό στόλο δεν έφτασε ποτέ. Αυτό οδήγησε, όπως ήταν αναμενόμενο, στην κάμψη του ηθικού των αμυντικών δυνάμεων , αλλά και σε πιο επιτακτικά προβλήματα, όπως ήταν η έλλειψη πολεμοφοδίων και τροφίμων. Πλέον η πόλη της Αμμοχώστου αβοήθητη και εγκαταλελειμμένη βρισκόταν έρμαιο των τουρκικών δυνάμεων, οι οποίες ανέκτησαν και πάλι τις παλαιές τους θέσεις κάτω από τα τείχη
Καθεδρικός Ναός Αγίου Νικολάου και μετέπειτα τέμενος Λαλά Μουσταφά Πασά
Η τραγικότητα της κατάστασης οδήγησε τελικά τον επικεφαλή των αμυνόμενων, τον Μαρκαντώνιο Βραγαδίνο, να διαπραγματευτεί και να συνθηκολογήσει με τους Τούρκους. Η συμφωνία προέβλεπε την παράδοση της πόλης της Αμμοχώστου στους Τούρκους και στην ειρηνική αποχώρηση των στρατιωτών και των αμάχων. Οι Τούρκοι όμως αθετώντας τη συμφωνία προχώρησαν στην άγρια δολοφονία του Βραγαδίνου και άλλων 350 περίπου ανδρών της ακολουθίας του. Στις 5 Αυγούστου του 1571 οι Τούρκοι στρατιώτες ξεχύθηκαν στους δρόμους της Αμμοχώστου προβαίνοντας σε κάθε είδους βιαιότητα και αγριότητα σε βάρος των αμάχων. Τέσσερις μέρες αργότερα ο Μουσταφά, μπαίνει θριαμβευτής στη λεηλατημένη πόλη της Αμμοχώστου κηρύσσοντας τη νέα τουρκική κτήση και εγκαθιδρύοντας την οθωμανική κυριαρχία στην Κύπρο.
η Ναυμαχία της Ναυπάκτου
Δυο μήνες αργότερα ακολουθεί μια από τις σημαντικότερες μάχες της παγκόσμιας ιστορίας , η Ναυμαχία της Ναυπάκτου. Οι ναυτικές δυνάμεις της Ιεράς Συμμαχίας (που αποτελείτο κυρίως από ενετικά, ισπανικά και παπικά πλοία) νίκησαν τον τουρκικό στρατό και εκδικήθηκαν κατά κάποιο τρόπο την άλωση της Αμμοχώστου. Αξίζει όμως να αναφερθεί πως η γενναία αντίσταση της Αμμοχώστου συνέβαλε ουσιαστικά στη νίκη των Ευρωπαίων στη Ναύπακτο, καθώς αρκετές από τις τουρκικές δυνάμεις παρέμεναν καθηλωμένες για μεγάλο χρονικό διάστημα στην Αμμόχωστο, δίνοντας παράλληλα αρκετό χρόνο στους Ευρωπαίους να συντονίσουν και να οργανώσουν τις στρατιωτικές δυνάμεις τους. Δυστυχώς όμως αυτή η βοήθεια προς τους Ευρωπαίους δεν αναγνωρίστηκε, καθώς η Αμμόχωστος αλλά και ολόκληρο το νησί, παρέμειναν υπό την οθωμανική κυριαρχία για τρεις ολόκληρους αιώνες.
